Doğal ve kültürel varlıkları açısından eşsiz bir konuma sahip olan Kapadokya bölgesi UNESCO Dünya Doğal ve Kültürel Mirası listesinde yer almaktadır. Her yıl çok sayıda yerli ve yabancı turistin ziyaret ettiği bu varlık alanlarının tespiti ve korunması büyük önem arz etmektedir. Bu noktadan hareketle Kapadokya Doğa Tarihi Uygulama ve Araştırma Merkezimizin bölgedeki doğal varlık alanlarının tespiti ve korunması için bilimsel araştırmalar yapmak ve yol gösterici olmak gibi bir misyonu bulunmaktadır.
Kapadokya bölgesi genelinde doğal varlık alanlarının tespiti ve korunması ile ilgili sorunlar ile sıklıkla karşılaşılmaktadır. Örneğin bölge genelinde doğal varlık alanları çeşitli faktörler ve insani faaliyetler gibi çeşitli etmenlerin etkisiyle bozunmakta ve ilksel özelliklerini kaybedebilmektedirler. Bölgede yaygın olarak bulunan bu doğal varlık alanları ile ilgili sorunların ortaya konulması ve çözüm önerilerinin geliştirilmesi hedefleri ve ileride kurulabilecek bir Ulusal Doğa Tarihi Müzesi için altyapı oluşturmak vizyonuna hizmet etmektedir.